Sayıştay Başkanı, kanunlarla verilen görevlerin iyi yapılması ve yönetimin düzenli bir surette yürütülmesi için gerekli tedbirleri alır. Genel Kurulun da başkanı olan Sayıştay Başkanı, gerekli gördükçe Temyiz Kurulu ve Daireler Kuruluna da başkanlık eder; bu kurullara verilecek işleri düzenler ve görüşmeleri yönetir. Sayıştayın faaliyetleri ile ilgili olarak yılda en az iki defa Türkiye Büyük Millet Meclisi Plan ve Bütçe Komisyonunu ve gerektiğinde diğer ilgili komisyonları bilgilendirir. Sayıştay raporlarının Türkiye Büyük Millet Meclisinde görüşülmesi sırasında Sayıştay Başkanı veya görevlendireceği başkan yardımcısı hazır bulunur. Sayıştay Başkanı; daire başkanları ve üyelerin dairelerini belirler, ihtisas dairelerini tespit eder, işleri dairelere dağıtır, denetim ve denetim destek grup başkanlıklarını oluşturur, meslek mensuplarının görev yerlerini; yönetim mensuplarının görevlerini ve görev yerlerini tayin ve tespit eder.

Sayıştay Başkanı, Sayıştay Kanunu'nda yazılı niteliklere sahip isteklilerden 16 ncı madde esaslarına göre belirlenecek iki aday arasından Türkiye Büyük Millet Meclisi Genel Kurulunca gizli oyla seçilir. Görev süresinin dolmasından otuz gün önce veya makamın herhangi bir sebeple boşalmasından on gün sonra Sayıştay Başkanı seçimine başlanır ve seçime başlama tarihinden itibaren otuz gün içinde seçim sonuçlandırılır. Bu sürelerin hesabında, Meclisin ara verme veya tatilde bulunduğu günler dikkate alınmaz. Sayıştay Başkanı seçilebilmek için Türkiye Büyük Millet Meclisi üye tamsayısının dörtte birinin bir fazlasından az olmamak kaydıyla, toplantıya katılanların salt çoğunluğunun oyu aranır. Sayıştay Başkanının görev süresi beş yıldır. Bir kimse en fazla iki defa Sayıştay Başkanı seçilebilir. Başkanın görev süresi yeni Başkan göreve başlayıncaya kadar devam eder. Görevi sona eren Başkan boş kadro şartı aranmaksızın Sayıştay üyesi olarak göreve devam eder, boşalan ilk üye kadrosu kendisine tahsis edilir ve en kıdemli üye sayılır.